家畜保健衛生所

農家飼養家畜の衛生対策や畜産農家への支援、家畜伝染病の予防対策・まん延防止などを実施しています。県内には3か所、家畜保健衛生所があり、それぞれに1か所ずつ駐在が配置されています。また、各家畜保健衛生所では生産安全課・防疫課・病性鑑定課（1か所のみ）に分かれて、業務を行なっています。

生産安全課

家畜改良増殖法に基づく種畜検査、家畜人工授精及び受精卵移植技術の普及・啓発、薬事や獣医事に関する指導、飼料の安全性確保のための業務を行なっています。

防疫課

家畜伝染病予防法に基づき、口蹄疫や高病原性鳥インフルエンザ、またその他の家畜伝染病の発生予防のため、県内の畜産農家の飼養家畜に対する検査、調査及び関係団体を含めた農家指導の業務を行なっています。

病性鑑定課

宮崎家畜保健衛生所のみに設置され、ウイルス・細菌・病理・生化学及びBSEの各検査室があり、県内全域の家畜の病性鑑定と診断を行なっています。また、高病原性鳥インフルエンザや炭疽菌などの危険度の高い病原体を安全に検査できるバイオハザード対策室を完備しています。